Již při příchodu Němců do Pardubic byl náš ústav postižen tím, že na tři dny
obsadili naši budovu němečtí vojáci. Za tři dny sice odešli, ale tělocvičny a suterénu
užívala německá vojenská policie ještě šest týdnů. O Vánocích 1939 utekl žák VII.
třídy Arnošt Honzek přes Maďarsko a Jugoslávii do Francie, kde vstoupil do našeho
vojska. Po převratě se vrátil a dokončil studia.
Hned po příchodu Němců do republiky začalo se v Pardubicích pracovati ilegálně proti nim. Utvořily se dvě skupiny, jedna vojenská za vedení podpl. Tacla, druhá se soustředila v hotelu Veselka kolem hoteliéra Košťála a dr. Žváčka. První skupina byla brzy Němci zlikvidována, druhá v červnu 1942. Chybou obou skupin bylo, že se členové scházeli při víně, pilo se a neopatrně mluvilo, čímž se Němcům usnadnila práce. Ke konci června 1942 bylo přes čtyřicet lidí popraveno a mnozí odvezeni do koncentráku.
